Jonas Poher Rasmussen schetst het levensverhaal van zijn jeugdvriend Amin Nawabi, die nooit veel vertelde over hoe hij als Afghaanse vluchteling in zijn Deense school belandde. Want Amin (een pseudoniem) koestert een geheim tegenover de autoriteiten, zijn jeugdvriend en de man met wie hij op het punt staat te gaan samenwonen op het Deense platteland.
Flee schreef Oscargeschiedenis door als eerste genomineerd te zijn voor zowel Beste Internationale Film als Beste Documentaire én Beste Animatie.